في 30 يناير 2018، انتقل المهاجم محمد شريف إلى النادي الأهلي قادمًا من وادي دجلة بعقد يمتد لأربع سنوات ونصف، وتعتبر هذه الصفقة واحدة من أهم الانتقالات في تاريخ النادي حيث كلفت خزينة الأهلي 10 ملايين جنيه، وكان هناك تنافس مع الزمالك على ضمه، لكن الأهلي تمكن من حسم الصفقة ليبدأ محمد شريف كتابة فصل جديد في مسيرته الرياضية.
على الرغم من انضمامه للأهلي، لم يحصل شريف على فرصة اللعب بشكل أساسي، مما أدى إلى إعارته لنادي إنبي بناءً على رغبة المدرب الفرنسي باتريس كارتيرون، وقدم شريف أداءً مميزًا مع إنبي في 2018، حيث سجل 15 هدفًا في الدوري الممتاز، مما ساعده على العودة للأهلي بشكل أقوى.
مع بداية موسم 2020-2021، عاد شريف إلى الأهلي ليحقق مع الفريق العديد من الإنجازات، منها لقب دوري أبطال أفريقيا مرتين وكأس السوبر الأفريقي مرتين، بالإضافة إلى كأس مصر والسوبر المحلي، كما حصل على المركز الثالث في كأس العالم للأندية مرتين، والمركز الرابع في مونديال المغرب 2023، مما جعله واحدًا من أبرز نجوم الفريق.
يمتلك شريف سجلًا مميزًا في مباريات القمة أمام الزمالك حيث سجل 7 أهداف، ورغم خسارة الأهلي للدوري في موسم 2020-2021، إلا أنه حصل على لقب هداف الدوري برصيد 21 هدفًا، ورحل عن الأهلي قبل موسمين لينتقل إلى الخليج السعودي، حيث لعب 59 مباراة وسجل 9 أهداف وصنع 2، ثم عاد مجددًا للأهلي هذا الموسم، حيث ساهم في 4 أهداف بتسجيل 3 أهداف وصناعة هدف.
أرقام محمد شريف مع الأهلي
عدد المساهمات التهديفية: 70، عدد الأهداف: 63، عدد التمريرات الحاسمة: 7، سجل في الدوري: 43، صنع في الدوري: 4، سجل في البطولات الأفريقية: 16، صنع في البطولات الأفريقية: 3، سجل في كأس مصر: 2، سجل في كأس العالم للأندية: 1، سجل في البطولة العربية: 1، ويمتد عقد شريف مع الأهلي حتى 2030.